治療豬結腸小袋蟲病可試用甲硝噠唑（滅滴靈），其他如土霉素、強力霉素、金霉素、四環素、黃連素等也可應用。該病在治療過程中，蟲體會在短時間中消失，以后還會出現，所以，要堅持定期投藥。預防主要在于改善飼養管理，及時清理糞便，做好無害化處理,保持飼料、飲水的清潔衛生。對發病豬要及時進行隔離治療。結腸小袋蟲的滋養體在不利的條件下，部分變圓，分泌堅韌的囊壁包圍蟲體而形成抵抗力較強的包囊，常用的消毒劑不能將其有效殺滅，但包囊對高溫和陽光敏感，因此，凡有此病的豬場應及時清糞，并將糞便進行生物熱發酵或在陽光下曝曬，以殺滅蟲體。為避免將病原傳給健康豬群，病豬應由專人管理，并避免衛生工具的交叉使用。
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