動物胃腸中的大量微生物組成的微生態系是在長期的歷史進化過程中形成的。正常菌群像一道屏障，保護宿主的健康生長。當正常菌群占優勢時，會抑制病原菌生長，提高宿主抗病能力。微生態制劑正是通過調節宿主體內的微生態結構，使其在微生態平衡的系統下表現出最佳的生理狀態和最快生長發育，具有最高的抗逆性。
2.1調節宿主體內菌群結構，抑制有害生物的生長，減少和預防疾病
2.1.1促進有益菌形成優勢種群
經過長期的進化過程，微生物在動物腸道內形成了一個微生態平衡系統。正常情況下，腸道內優勢種群為厭氧菌，而需氧菌和兼性厭氧菌只占1%左右。如果專性厭氧菌減少，失去優勢種群地位，則動物腸道微生態平衡失調，引起各種腸道疾病。使用微生態制劑可使擬桿菌、雙歧桿菌等專性厭氧菌數量增加，恢復優勢種群，起到調節微生態平衡的作用。
2.1.2生物頡抗
動物微生態制劑中的有益微生物在體內對病原微生物有頡抗作用，這些有益微生物可與病原微生物爭奪營養物質和生態位點，抑制病原微生物的生長繁殖。有益菌還通過分泌抑菌物質抑制病原菌增長，例如乳酸菌分泌細菌毒素、過氧化氫、有機酸(包括乳酸、乙酸、丙酸、丁酸等)等物質，可使腸道環境pH下降，抑制有害病原微生物生長。
2.1.3生物奪氧
大量研究表明，一些需氧菌微生物特別是芽抱桿菌能消耗腸道內氧氣，造成厭氧環境，有助于厭氧微生物的生長，從而使失調的菌群平衡恢復到正常狀態。
2.2消除污染物，凈化環境
養殖水域底部常常積累大量的殘余餌料、排泄廢物、動植物殘體以及有害氣體氨氣、硫化氫等，這些物質往往導致水質敗壞使水產動物受到毒害。微生態制劑中的微生物具有氧化、氫化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用，能將上述有害物質分解為二氧化碳、硝酸鹽、硫酸鹽等，不僅凈化了水質，還能為單胞藻的繁殖提供營養物質促進藻類的繁殖。目前比較常用的水質調節劑有光合細菌、硝化細菌、芽抱桿菌等。光合細菌具有獨特的光合作用能力，能有效地利用水中過剩的有機物作為自身繁殖的營養源，迅速分解水中氨氮、硫化氫、酸類等有害物質，從而改善水質，增強魚類的抗病力。
2.3促進養殖動物的生長，增強機體的抵抗力
2.3.1微生態制劑中的有益菌具有活性較強的淀粉酶、脂肪酶、蛋白酶等，能極大地提高飼料利用率，促進消化吸收和動物生長發育。
2.3.2作為飼料添加劑的微生態制劑，其菌體含有大量的營養物質，可為動物補充營養。其中光合細菌粗蛋白含量高達65%，還含有豐富的B族維生素、泛酸、生物素、葉酸、類胡蘿卜素、鈣、磷和多種微量元素、輔酶Q等。
2.3.3一些微生物在發酵或代謝過程中產生多種有益物質如氨基酸、維生素、促生長素之類的生理活性物質，促進生長發育。
2.4防止有毒物質的積累，保護機體不受毒害
動物機體在受到某些應激因素的影響下，機體內動物腸道中微生態平衡失調，導致體內菌群比例失調，需氧菌增加，并使蛋白質分解產生胺、氨等有害物質，動物表現為病理狀態。有些益生菌如某些乳酸桿菌、鏈球菌、芽抱桿菌等，可以阻止毒性胺和氨的合成。多數好氧菌產生超氧化物歧化酶(SOD)可幫助動物消除氧自由基。有些微生態制劑中的有益微生物如芽抱桿菌在腸道內可產生氨基氧化酶及分解硫化物的酶類，從而降低血液及糞便中氨、吲哚等有害氣體的濃度，改善養殖環境。
2.5刺激免疫系統，提高免疫力
微生態制劑是很好的免疫激活劑。動物口服益生菌后，調整腸道菌群，使腸道微生態系統處于最佳的平衡狀態，活化腸粘膜內的相關淋巴組織，使抗體分泌增強，提高免疫識別能力，并誘導T、B淋巴細胞和巨噬細胞等產生細胞因子，通過淋巴細胞再循環而活化全身免疫系統，從而增強機體的免疫系統。
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